È uno dei Santi più venerati in Italia e nel mondo: Padre Pio da Pietrelcina, figura tornata alla ribalta per un saggio dello storico Sergio Luzzatto, Padre Pio. Miracoli e politica nell'Italia del Novecento. Tutto gira intorno all'acido fenico, una sostanza che il frate chiese a una farmacista nel 1919 dicendo che gli serviva per «la disinfezione delle siringhe occorrenti alle iniezioni che egli praticava ai novizi». Così confessò nel 1921 la farmacista in questione, l'allora trentenne Maria De Vito: «Io sono stata un'ammiratrice di Padre Pio e l'ho conosciuto di persona la prima volta il 31 luglio 1919. Dopo essere ritornata sono rimasta a San Giovanni Rotondo un mese. La vigilia della mia partenza per Foggia, Padre Pio mi chiamò in disparte e con tutta segretezza, imponendo il segreto a me in relazione anche agli stessi frati suoi confratelli, mi consegnò personalmente una boccettina vuota, richiedendomi che gliela facessi pervenire a mezzo dell'autista che presta servizio per trasporto passeggeri da Foggia a San Giovanni Rotondo». 
La giovane si rivolse allora al cugino, il dottor Valentini Vista che a Foggia era titolare di una farmacia e che testimoniò: «Quando ella tornò a Foggia mi portò i saluti di Padre Pio, mi chiese a nome di lui e in stretto segreto dell'acido fenico puro, e mi presentò una bottiglietta della capacità di un cento grammi, datale da Padre Pio stesso, al quale bottiglietta io avrei dovuto riempire». Dopo un mese alla giovane furono richiesti «quattro grammi di veratrina», una sostanza fortemente caustica. Non avendola trovata nella farmacia di sua proprietà, anche in questo caso la richiese a suo cugino con lettera, acclusa agli atti. Questi, impressionatissimo, la rifiutò, perché sospettava che Padre Pio potesse usarla per procurarsi le lesioni alle mani. Queste testimonianze non sono nuove al Vaticano: le testimonianze di Maria De Vito e del cugino, accompagnate da un biglietto autografo del Padre con la richiesta dell'acido, furono infatti rese in prima battuta al vescovo di Foggia del tempo, monsignor Salvatore Bella, e successivamente allo stesso Sant'Uffizio. Nonostante questo, la pubblicazione del libro di Luzzatto ha provocato molte polemiche da parte di quanti vi vedono un tentativo di minare la credibilità di Padre Pio. Forse dimenticando che le prime a esprimere seri dubbi su quel che succedeva a San Giovanni Rotondo furono proprio le gerarchie ecclesiastiche locali, in particolare il ministro della provincia cappuccina, padre Pietro da Ischitella, e l'arcivescovo di Manfredonia, monsignor Pasquale Gagliardi.
L'interno della nuova chiesa progettata da Enzo Piano a San Giovanni Rotondo.
